Kinh doanh điện tử (E-Business) là thuật ngữ xuất hiện trước thương mại điện tử (E-Commerce), tuy nhiên, còn khá nhiều mơ hồ trong việc xác định liệu hai thuật ngữ này có giống nhau hay không.[25]

Có ý kiến cho rằng thương mại điện tử đôi khi là một nhánh phát triển thêm từ Kinh doanh điện tử. Thương mại điện tử chú trọng đến việc mua bán trực tuyến (tập trung bên ngoài), trong khi đó kinh doanh điện tử là việc sử dụng Internet và các công nghệ trực tuyến tạo ra quá trình hoạt động kinh doanh hiệu quả dù có hay không có lợi nhuận, vì vậy tăng lợi ích với khách hàng (tập trung bên trong).

Cụ thể, kinh doanh điện tử là thiết lập hệ thống hay ứng dụng thông tin để phục vụ và làm tăng hiệu quả kinh doanh. Kinh doanh điện tử bao phủ quá trình hoạt động trong doanh nghiệp, từ mua hàng qua mạng (e-procurement, e-purchasing), quản lý dây chuyền cung cấp nguyên vật liệu, xử lý đơn hàng, phục vụ khách hàng và giao dịch với đối tác qua các công cụ điện tử cho đến chia sẻ dữ liệu giữa các bộ phận chức năng trong doanh nghiệp. Trong khi đó, thương mại điện tử tập trung vào việc mua bán và trao đổi hàng hóa, dịch vụ, thông tin qua mạng, các phương tiện điện tử và Internet. Theo nghĩa rộng hơn, thương mại điện tử là việc sử dụng các phương tiện điện tử để triển khai thương mại. Nói cách khác, thương mại điện tử là thực hiện quy trình cơ bản và quy trình khác của giao dịch thương mại bằng phương tiện điện tử, cụ thể là trên mạng máy tính và viễn thông một cách rộng rãi, ở mức độ cao nhất có thể.

Việc phân biệt tương đối giữa hai thuật ngữ này sẽ giúp nhà quản trị phân định rõ mục tiêu kinh doanh và hướng tiếp cận của doanh nghiệp.